如果公司没有为员工缴纳社会保险，那它能否合法扣除个人所得税？

公司未缴社保不影响其代扣代缴个税义务。分析：从法律角度看，社会保险的缴纳与个人所得税的扣除是两个独立的法律义务。公司为员工代扣代缴个人所得税是其法定职责，与是否为员工缴纳社保无直接关联。社保缴纳是公司对员工的社会保障义务，而个税扣除则是基于国家税收法律的规定。提醒：若公司长期未缴纳社保且存在偷税漏税行为，可能面临严重的法律后果，应及时咨询专业人士。
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具体操作：1.若公司未缴社保，员工可向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据，要求公司补缴社保并承担相应法律责任。2.对于个税扣除问题，员工可登录税务总局官网或前往办税服务厅查询个税缴纳记录，如发现有误扣情况，可向税务部门提交申诉材料，要求更正。3.如公司同时存在未缴社保和个税扣除不当问题，员工可同时向劳动监察部门和税务部门反映，维护自身合法权益。在此过程中，建议保留好相关证据，如工资条、社保缴纳记录等，以备不时之需。
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处理方式：从法律角度，针对公司未缴社保但扣除个税的情况，处理方式主要有两种：一是通过劳动监察部门投诉，要求公司补缴社保；二是向税务部门反映个税扣除问题，确保个人税收合规。选择建议：若主要关注社保权益，可优先向劳动监察部门投诉；若对个税扣除有疑问，可向税务部门咨询或举报。